در یادداشتی که توسط آیت‌الله سیدمصطفی خوانساری، از شاگردان خاص آیت‌الله حائری و آیت‌الله بروجردی نوشته شده و به تأیید آیت‌الله حائری نیز رسیده است، از اقدامات تفرقه‌افکنانه برخی از روحانیون به شدت انتقاد شده است.

در این یادداشت که در سال 1313 منتشر شده، آمده است:
در این جا می‌خواهم چیزی را تذکر دهم که بسیاری از مردم آن را نمی‌دانند و یا اگر بدانند به آن توجهی ندارند و آن زیان‌های بی‌شماری است که در نتیجه اختلافات مسلمین پیدا شده و ما به آن اعتنا نداریم.

فرق مسلمین از خاصه و عامه و شیعه و اهل تسنن و طوایف دیگر باید این اختلافات را کنار گذارند و دشمنان بزرگ خود را که مادیین و نصارا و دیگران هستند، جواب گویند و مزایادین اسلام را به اهل عالم برسانند.

فرق مسلمین باید همچون اعضای یک بدن برای یک مقصود، که ترویج اسلام است بکوشند. دست و پا و دیگر اعضای بدن گرچه از یکدیگر جدا و مفرعند، ولی همه برای یک مقصود که نگهداری بدن است، کوشش می‌کنند. ما باید دینداری را از صحابه و تابعین و مسلمانان صدراسلام بیاموزیم که از اختلافات خود چشم پوشیدند و در پیشرفت یک مقصود کوشیدند.

آری ، در نتیجه اتحاد و یگانگی آن‌ها بود که اسلام با آن همه سرعت در همه جای عالم منتشر شد.

اگر پس از رحلت پیغمبر، مسلمین آن اتحاد را نداشتند و تحت کلمه واحده توحید و شهادت به رسالت جمع نمی‌شدند، آیا ممکن بود آن پیشرفت‌ها برای اسلام پیدا شود؟ آیا آن همه زحمات پیغمبر اسلام به هدر نمی‌رفت؟ آری به اجتماع جهان را توان گرفت.

در امروز هم اگر مسلمین همان اتحاد را داشته باشند و به وسیله قلم و زبان، مزایای اسلام را به اهل عالم برسانند، نتیجه‌اش کمتر نخواهد بود، زیرا مردم امروز، زیان‌های بی دینی را به خوبی دیده و سنجیده‌اند. هرگاه دینی مانند اسلام ببینند، به زودی بپذیرند.

گذشته از این، اختلافات کنونی مورد ندارد، زیرا امروز کسی که داعی خلافت داشته باشد در میان نیست تا این که به این واسطه اختلافاتی باشد و در اصل دین که توحید و نبوت و معاد است، اختلاف نیست فقط اختلاف در مسئله امامت و خلافت بلافصل است که از اصول مذهب است و آن هم به واسطه نبودن امام حاضری مورد ندارد.

اما اختلافات در فروع دین ـ این اندازه اختلاف در میان هر قومی ‌هست و نباید برای این با یکدیگر دشمنی کنند. چنان که عامه در فروع فقهیه، پیروی یکی از فقها و ائمه اربعه خود را می‌کنند، شیعه هم متابعت ائمه اثنی‌عشر و فقهای خود را می‌نماید و این اختلاف در فروع هم به جایی مضر نیست. فقط همان مسأله خلافت است که آن هم چون امروز موضوع ندارد، باید کنار گذارند تا این که از اصل مقصود باز نماند، وگرنه دیگران که منتظر بازار آشفته‌اند با بودن این اختلافات به مقصود خواهند رسید. داستان سید و شیخ و بازاری در باغ معروف است که به واسطه اختلاف، هر سه مغلوب شدند، بلکه آن چه از مراجعه به تاریخ به دست می‌آید، بیشتر غلبه‌هایی که در عالم شده، به واسطه اختلاف مغلوبین بوده است. »